利用NanoDrop2000对提取的CMCC44841基因组DNA进行了纯度测定,A260/280和A260/230分别为1.70和2.37。集聚菌菌利用qubit荧光计对提取的性大希氏EAECDNA测定了浓度为65ng/µL,提取的体和DNA能够满足后续全基因组测序和标准物质制备的实验要求。
本研究利用二代高通量全基因组测序技术对CMCC44841进行了序列测定。标准获得的物质基因组序列信息结果通过生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285Mb,肠道肠埃其N50重叠大小为114319bp,集聚菌菌共121个长度从305600bp到505bp不等的性大希氏contigs,GC含量为50.6%,体和编码区基因5173个。标准利用CGE网站KmerFinder对细菌进行种属鉴定,物质结果显示CMCC44841鉴定为大肠埃希氏菌(Escherichiacoli),肠道肠埃具体鉴定结果如表2所示。集聚菌菌同时利用CGE网站进行血清预测、性大希氏多位点序列分型(MLST)和毒力基因分析,CMCC44841血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带毒力基因除aggR、astA、pic之外,还预测到含有aap、aar、afaD、agg3C、lpfA、ompT等毒力基因,详见表3。CMCC44841全基因组测序数据已上传至NCBI数据库,序列号为SRR12278211。
按照GB4789.6-2016的方法对CMCC44841分别进行了astA、aggR、pic特征性基因检测。PCR扩增结果显示提取的CMCC44841DNA分别扩增出102bp、400bp和1111bp长度片段。不同浓度DNA扩增结果如图1所示,0.1、0.01、0.001ng/µl的DNA均有特征性基因扩增产物,选择CMCC44841DNA冻干小球标准物质使用时PCR的模板量≥0.1ng/µl,按照20ng/球进行DNA标准物质的制备。
随机抽取的20瓶EAEC菌体标准物质平板计数结果如表4所示。所有样品菌落数均在103CFU数量级,数值符合正态分布。SPSS软件单因子方差分析结果显示,F=1.59<F临界值=2.137,P>0.05。表明在显著水平为0.05时,本次所制备的EAEC菌体标准物质组内和组间无显著性差异,即样品符合均匀性要求。
随机抽取10瓶EAECgDNA标准物质,PCR产物电泳结果显示,10个gDNA标准物质的astA、aggR、pic基因均得到清晰的扩增条带(图2)。
相关链接:标准物质,提取,基因
声明:本文所用图片、文字来源《食品科学》,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系删除。
相关文章:
让玻璃主要卫生间(图),行业资讯原材料上涨吞噬玻璃行业利润,行业资讯高效液相色谱法测定隐形眼镜护理液中聚乙烯吡咯烷酮(一)当今流行落地玻璃窗不节能 发改委积较研究对策,行业资讯新型玻璃塑料复合材料纷纷问世,行业资讯工业废弃物制备多元催化铁碳微电解填料研究(一)《野山参质量规格团体标准》正式发布通辽市获准微晶玻璃、玉晶石生产线项目,行业资讯新房开工率下降 日本玻璃等建材行业削减产量,行业资讯玻璃协会会长深入研讨行业健康发展问题,行业资讯水晶玻璃是什么 水晶与玻璃有哪些区别,行业资讯陕西发布2023年度消费维权监测信息:消费诉求总量增长较高 消费者自我维权意识强烈玻璃短期行业会议有提振,行业资讯湖北出台明厨亮灶建设技术指南生物技术药物免疫原性检测方法浅析「产品推荐」人血清等生物类相关标准物质,欢迎选购!辽宁:展示维权成果 表彰先进示范 促进消费潜能释放玻璃墙能扩大空间感吗 玻璃怎么做家庭装饰好看,行业资讯玻璃茶几的安装步骤 玻璃茶几常用哪些材料,行业资讯国务院出台健康中国行动,四类药物机会值得关注巨润建材承办2018年华东华北等地区玻璃企业第六次市场研讨,行业会议12月14日浮法玻璃产能利用率,产业数据如何辨别玻璃制品的好坏 玻璃茶具的优点,行业资讯什么是中空玻璃上胶机 中空玻璃加工设备如何安装调试,行业资讯市场监管行风建设在行动|陕西咸阳:用好“四字诀”推进行风建设走深走实辽宁:持续优化消费环境 推动消费者“幸福指数”提升走近3•15,放心消费市场监管在行动|陕西榆林:开展“3•15”国际消费者权益日主题宣传活动浙江杭州:58批次青团抽检结果全部合格成都国家级标准化试点入选全国典型案例蒙砂玻璃是怎么做的 玻璃怎样熔化,行业资讯镜钉如何固定在墙上 断桥铝门窗材料如何选择,行业资讯重庆对11家涉案企业开展合规评估 减免罚金23.55万元平凡人中不凡的代表——2018年奥科集团表彰大会夹胶玻璃生产使用的是什么胶 夹胶玻璃有什么特点,行业资讯安徽:2020年光伏发电装机目标上调至1100万千瓦,行业资讯焦化废水处理工艺及类型解析钢化玻璃茶几突然碎了是怎么回事 茶几玻璃该如何保养,行业资讯浙江杭州:食品评价性抽检合格率达到99%以上走近3•15,放心消费市场监管在行动|贵州省举行“3•15”宣传活动玻璃雨搭如何安装 雨搭板用夹胶玻璃的好处,行业资讯